Одна из самых распространенных ошибок на сайте — отсутствие 301-редиректа между зеркалами сайта: с http://www.site.ru/ на http://site.ru/.
Основным зеркалом рекомендую делать сайт без www, т. к. в выдаче Яндекса предпочтение отдается именно таким страницам, даже несмотря на то, что в файле robots.txt указана директива host:www.site.ru. Также не забудьте указать выбранное основное зеркало в панели Яндекс.Вебмастер.